Qëllimi kryesor i komponentit për Përmirësim të matematikës dhe të lëndëve shkencore është të ndihmojë në zhvillimin dhe ndërtimin e të menduarit kritik te nxënësit, që të arrijnë suksese në ekonominë globale të bazuar në dituri. Ky komponent realizohet në partneritet me Univerzitetin e Indianës. Që të arrihen këto qëllime,  PEP punon në:

1. Trajnim për arsimtarët nga lënda e matematikës dhe të shkencave natyrore për përdorim të qasjeve bashkohore në mësimin, të drejtuar kah nxënësi.
Përmes llojllojshmërisë së modeleve të zhvillimit profesional, siç janë trajnimet e trajnusve master prej ekspertëve ndërkombëtarë, trajnime rajonale nga master trajnues dhe trajnues rajonal, ekipet e studimit të udhëhequr nga mësuesit mentor dhe mbështetjen nga shkollat, PEP punon me të gjithë arsimtarë të matematikës, fizikës, kimisë, biologjisë dhe gjeografisë.  PEP zhvillon dhe mban trajnime për arsimtarët për përforcim të njohurive dhe aftësive të tyre për përdorim të metodave aktive të mësimit,  me qëllim që të ju mundësojë nxënësve të zhvillojnë aftësitë e shekullit 21. Në përfundim të projektit, shtator 2010, PEP planifikon të ketë trajnuar gjithë arsimtarët e matematikës dhe shkencave natyrore nëpër shkollat fillore të Maqedonisë në dy cikle trajnuese.
Në partneritet me fonacionin Hap pas hapi , në Maqedoni, PEP ka trajnuar 30 trajnues dhe organizon trajnime për arsimtarët për përdorimin e metodave aktive gjatë mësimdhënies në matematikë dhe shkencat natyrore. Në fund të projektit, shtator 2010, PEP planifikon të ketë trajnuar së paku 4 mësues të klasave të ulta në çdo shkollë fillore në Maqedoni.

2. Zhvillimi i rrjeteve për mbështetje të zhvillimin profesional të arsimtarëve
PEP e përkrah punën e këshillave të arsimtarëve lëndorë dhe grupeve rajonale për studim përmes zhvillimi të programeve, materialeve dhe aktiviteteve, dhe përmes organizimit të trajnimeve rajonale  për zhvillim të vazhdueshëm profesional.  PEP gjithashtu bën vizita nëpër shkolla dhe u ofron mbështetje arsimtarëve që kanë ndjekur trajnimet. Për të shpërndarë informata dhe për komunikim më të mirë ne krijuam një faqe: http://mspep.blogspot.com dhe i publikojmë praktikat më të mira dhe materiale e arsimtarëve në PEP toolbox:
http://toolbox.pep.org.mk

3. Përgatitja e aktiviteteve për nxënësit
PEP e përkrah punën e arsimtarëve me nxënësit të cilët kanë interes të posaçëm për matematikë dhe shkencat natyrore, duke përgatitur udhëzime, materiale dhe shembuj aktivitetesh dhe projektesh. PEP organizon takime rajonale dhe takime në nivel të shtetit, ku promovohen  Klubet Shkencore të Nxënësve dhe nxënësit i prezantojnë hulumtimet, projektet dhe produktet e tyre nga fusha e matematikës dhe të shkencave natyrore.

4. Përgatitja e materialeve të printuara dhe digjitale materialeve për përmirësimin e mësimit dhe mësimdhënies
Në bashkpunim me arsimtarët më kreativë, trajnuesit e matematikës dhe shkencave natyrore si dhe këshilltarët e Univerzitetit të Indianës, PEP ka përgaditur: 2 doracaqe për trajnuesit, 11 doracaqe për arsimtarët, 2 postera për matematikë dhe shkencat natyrore, shembuj të orëve mësimore dhe inçizime të orëve mësimore për arsimtarët lëndor dhe ato të klasave të ulta që të mund ato ti përdorin në punën e tyre me nxënësit. Në periudhën që vjen, do të mblidhen dhe përgatiten shembuj praktike innovative dhe modele prej orëve mësimore, të cilat do të jenë në disponim për të gjithë arsimtarët në formë të shtypur dhe elektronike.