Главна цел на компонентата Унапредување на наставата по математика и природните науки е да се помогне, учениците да развиваат способности за критичко размислување за да успеат во глобалната економија базирана на знаење. Оваа компонента се реализира во партнерство со Универзитетот во Индијана. За да го постигне ова, ПЕП работи на:

1. Обука на наставниците по математика и природни науки за користење современи приоди во наставата насочени кон ученикот
Преку различни модели на професионален развој, како што се: обука на мастер обучувачи од меѓународни консултанти,  обука на наставници од мастер и од регионални обучувачи, тимови за учење водени од наставници ментори и  поддршка во училиштата, ПЕП работи со сите наставници по математика, физика, хемија, биологија и географија.   ПЕП дизајнира и реализира обуки на наставниците за зајакнување на нивните знаења и вештини  за користење ефективни и современи наставни методи и техники, што ќе овозможи учениците да ги развијат вештините за 21-от век. До крајот на проектот, во септември 2011, ПЕП планира да ги обучи сите наставници по математика и природните науки во  основните училишта во Република Македонија во два циклуси на обука.   
Во партнерство со фондацијата Чекор по чекор Македонија, ПЕП обучи 30 обучувачи и организира обуки за наставниците и поддршка во училиштата за користење активни приоди во наставата по математика и запознавање на околината. До крајот на проектот, во септември 2011, ПЕП планира, да обучи најмалку 4 одделенски наставнци од секое основно училиште во Република Македонија.
 
2. Развивање систем за поддршка на професионалниот развој на наставниците
ПЕП ја поддржува работата на активите на наставници и регионалните тимови за учење, преку изготвување програми, развивање материјали и активности и преку организирање регионални средби за континуиран професионален развој.  ПЕП исто така, организира посета во училиштата и  поддршка за обучените наставници. За споделување инфомации и за подобра комуникација меѓу наставниците, воспоставен е блог: http://mspep.blogspot.com  а примерите на добра пракса и други материјали подготвени од наставниците  се поставуваат на ПЕП збирката на материјали: http://toolbox.pep.org.mk

3. Осмислување на активности за учениците
ПЕП ја поддржува работата на наставниците со учениците коишто имаат посебен интерес за математика и природните науки преку изготвување насоки и прирачни материјали, како и примери активности и проекти. ПЕП организира регионални и средби на ниво на држава каде ги промовира Научните ученички клубови и каде учениците ги презентираат своите математички и природо-научни истражувања, проекти и продукти.

4. Изготвување печатени и дигитални материјали за подобрување на поучувањето и учењето
Во соработка со најкреативните наставници, обучувачите по математика и природните науки и консултантите од Универзитетот во Индијана, ПЕП изготви: 2 прирачници за обучувачи, 11 прирачници за наставници,  2 постери по математика и природните науки, примери од планирања на наставни содржини и видео – часови, кои наставниците од одделенска и предметна настава можат да ги користат во нивната работа со учениците. Во наредниот период ќе се приберат и подготват иновативни практични примери и модели на часови кои во печатена и електронска форма ќе бидат достапни до сите наставници.